EC Waste cuenta con una estación de trasbordo ubicada en el Municipio Autónomo de San Juan. Las estaciones de trasbordo son instalaciones diseñadas para depositar los desperdicios sólidos temporeramente, para luego ser trasladados o acarreados hacia una instalación de disposición final.  Su propósito primordial es hacer más eficiente el manejo de los desperdicios, ayudando a reducir los costos de transportación.  Son un mecanismo adecuado y seguro para el manejo de los desperdicios sólidos. Un vagón de transferencia puede transportar los desperdicios que llevarían de tres a cuatro camiones a un relleno sanitario.

La estación de trasbordo de San Juan tiene una capacidad de manejo de 2,600 toneladas de desperdicios sólidos y se reciben desperdicios sólidos no peligrosos y se desvía el material vegetativo y las paletas.

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 El horario de operación de la estación de trasbordo de San Juan es de lunes a viernes de 5:00 de la mañana a 10:00 de la noche y los sábados y domingos de 5:00 de la mañana a 2:00 de la tarde.